Unter dem Presbyterium befindet sich die in den Fels gehauene Krypta, die 1618 unter Erzbischof De Esquivel eingeweiht worden ist. Sie besteht aus einer Vorhalle und drei Kapellen, die zusammen das „Sanktuarium der Märtyrer" genannt wird. Der Name rührt daher, dass in den 179 Nischen die Reliquien der Märtyrer von Cagliari aufbewahrt werden. Eine Treppe führt zu den drei miteinander verbundenen und mit Marmor ausgekleideten Kapellen. Die Decken sind mit Rosetten in Relief mit Diamantspitzen geschmückt.

Vorhalle des Sanktuariums.
Die beiden Marmortreppen kommen auf einem Podest zusammen, in dessen Mitte sich der marmorne Sarkophag des Erzbischofs Francisco De Esquivel befindet, sowie ein Gemälde der spanischen Schule aus dem 17. Jahrhundert, das die Kreuzigung darstellt. Darauf sind auch der Erzbischof selbst und die Märtyrer von Cagliari zu sehen.

Hauptkapelle oder Cappella della Madonna dei Martiri.
Sie beherbergt 66 Nischen. Über dem Altar steht die Statue der Madonna mit Kind, an den Seiten der hl. Josef und die hl. Anna.

Kapelle des hl Lucifer.
Sie ist dem hl. Lucifer, Bischof von Cagliari (+371) gewidmet, und enthält 80 Nischen. Die Gebeine des Heiligen befinden sich unter dem Altartisch; darüber erhebt sich seine Statue. Die Kapelle enthält ein Sarkophag aus römischer Zeit mit den Gebeinen des hl. Antiochus und das Mausoleum von Maria Giuseppina von Savoyen, der Gattin von Ludwig XVIII, König von Frankreich.

Kapelle des hl. Saturninus.
In der kleinsten der drei Kapellen sind 33 Nischen vorhanden. Über dem Altar werden in einem römischen Sarkophag die Reliquien des hl. Saturninus aufbewahrt. Darüber erhebt sich seine Statue. Außerdem sind zwei weitere Sarkophage aus römischer Zeit vorhanden,'einer mit den Reliquien von zehn Heiligen, der andere enthält die Reste von weiteren neun Heiligen. Hier befindet sich auch das Mausoleum von Karl Emmanuel von Savoyen, der im Alter von nur zwei Jahren an Pocken verstarb.

 

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